Badan Pengelola Kawasan Ekosistem Leuser (BPKEL) didirikan oleh Gubernur Aceh dengan persetujuan Dewan Perwakilan Rakyat Aceh (DPRA) pada akhir tahun 2006. Hal ini dilakukan sebagai respon atas mandat Pemerintah Aceh yang dijabarkan dalam perjanjian damai Republik Indonesia (RI) - Gerakan Aceh Merdeka (GAM) pada tahun 2005 yang menandai berakhirnya konflik Aceh yang telah berlangsung selama 30 tahun. Sejak saat itu, BPKEL secara terus menerus mengembangkan kapasitasnya dalam menjalankan tugas-tugasnya, yaitu mengelola Kawasan Ekosistem Leuser secara menyeluruh, termasuk penegakan hukum, pengelolalan satwa, perlindungan hutan, dan penanganan konflik satwa-manusia. Dalam waktu singkat, pembalakan liar telah banyak berkurang. Sekitar 3000 hektar lahan perkebunan ilegal telah ditertibkan dan sekian banyak satwa liar di kawasan juga ini terlindungi dengan lebih baik.

BPKEL merupakan badan pemerintah semi otonom yang bertanggung jawab langsung kepada Gubernur Aceh. Tidak seperti dinas-dinas lain yang biasanya dipimpin oleh birokrat karir, pegawai BPKEL adalah para profesional. Organisasi ini dikelola oleh tujuh orang pimpinan bidang (satu Ketua, satu Sekretaris Jendral, dan lima Koordinator dalam bidang penegakan hukum, pemanfaatan yang berkelanjutan, konservasi dan rehabilitasi, perizinan, dan administrasi keuangan). Saat ini kantor BPKEL berada di dua tempat yaitu di ibukota Propinsi Banda Aceh dan di Takengon. Perwakilan BPKEL saat ini juga aktif dan tersebar di 13 kabupaten.